La ciudad de Confloenta surgió como fundación ex novo en un emplazamiento en llano en el paraje de Los Mercados, sobre la terraza fluvial situada junto a la confluencia de los ríos Duratón y Serrano. El interés de Roma por el mejor control de la población procedente de la celtibérica Sepúlveda y otros oppida del entorno, así como por un mejor acceso a la campiña y a las comunicaciones, determinó que no se valorara de nuevo una posición en altura, como la de Seopúlveda, para emplazar la fundación. La elección de un emplazamiento en llano para la nueva ciudad (in planum extruere), sin grandes dificultades topográficas, habilitó la ejecución de un tipo de planificación ordenada en base a un esquema urbanístico regular, desarrollado por Roma desde el siglo III tras la conquista y reurbanización de los territorios en la península itálica, y desde el siglo II en los ámbitos celtibéricos de los valles del Ebro y del Duero. Se creó una estructura adecuada para la implantación de las soluciones urbanísticas necesarias para el desarrollo de una ciudad constituida como caput civitatis.

La prospección arqueológica intensiva en Los Mercados señala la ocupación en época romana de la terraza fluvial en una superficie de hasta 70 ha, alcanzando las 111 considerando los ámbitos suburbanos. La trama urbana reticular central de Confloenta adopta la forma de un polígono irregular, que alcanza el sinuoso borde de la meseta de Los Mercados, donde el terreno natural desciende hasta el río Duratón y el pueblo de Duratón.

Esta retícula central se articula en función de tres decumani principales (calles con trazado este-oeste) y más de una veintena de kardines, calles con trazado norte-sur, que se cruzan generando insulae o manzanas regulares. Estas calles no se cruzan en ángulo recto, sino formando ángulos de 65º, que deciden una retícula no ortogonal, con insulae de planta trapezoidal, solución adoptada por cuestiones topográficas y para facilitar el saneamiento. El decumanus II, en el centro de la ciudad, constituye el Decumano Máximo, con una longitud de 660 m. El Kardo XII, de 375 m de longitud, conforma a su vez el Kardo Máximo. Ambos ejes principales se cruzan en el Foro, en la zona central de la ciudad.

La prolongación del eje longitudinal del Decumanus II hacia el oeste de la ciudad, fuera de ésta, genera el tramo inicial de una calzada que enlazaba Confloenta con Cauca (Coca, Segovia) y Pintia (Las Quintanas, Padilla de Duero, Valladolid), al norte. Por el sur, el Kardo XII conectaba con la vía que se dirigía hacia el sureste del territorio hasta Complutum, atravesando Somosierra, y con el camino que por el suroeste comunicaba Confloenta con Segovia. La calzada procedente de Termes (Tiermes, Soria) desde el noreste, y Clunia y Segontia Lanca (Langa de Duero, Soria), desde el norte, se unían poco antes de alcanzar la ciudad.

En la zona central de la ciudad se sitúan los espacios públicos principales, entre estos el Foro municipal y las Termas del Foro. En el extremo sur se coloca un segundo edifico de baños, las Termas meridionales. Otro espacio público destacado es el Foro pecuario, espacio de mercado ganadero, de acogida de ferias y de esparcimiento social situado en el margen nororiental de la ciudad, para permitir el fácil acceso de rebaños a este espacio desde las cañadas y para evitar comprometer la limpieza e higiene de la ciudad en un espacio destinado a actividades de mercado de ganado. Al norte de la ciudad se detecta por fotografía aérea un gran recinto, cuyos lados miden aproximadamente 180 m y 165 m. En su interior parece disponerse un espacio delimitado por una estructura muraria, de 60 x 50 m de lado. El análisis de fotografía área no permite por el momento aportar mayores precisiones para un espacio por el momento de difícil valoración e interpretación.

Se han explorado de forma limitada algunos espacios de viviendas, en la zona central, y en el sur, así como una villa suburbana en el margen meridional, donde luego se levantará la iglesia románica.

La ciudad contaba con un acueducto, conocido de manera indirecta por el hallazgo de tuberías de plomo del sistema de distribución urbano, con trazado por el momento no conocido. Otras infraestructuras destacadas son las cloacas detectadas en varias partes de la ciudad, para garantizar la evacuación de aguas y salubridad del espacio urbano.

 En las áreas periféricas y periurbanas de la ciudad se conocen diferentes espacios industriales, mientras que al sur de la ciudad se localiza la única necrópolis conocida y al oeste un santuario dedicado a una divinidad femenina.