La ciudad de Confloenta prosigue su ocupación en época tardo antigua, a partir del s. V d.C., en época visigoda, aunque el asentamiento tardo antiguo en la ciudad es mal conocido. Las prospecciones arqueológicas señalan la restricción del espacio urbano de Confloenta desde el s. V d.C., para concentrase la ocupación de la ciudad en época tardo antigua, durante la Monarquía Visigoda, entre los siglos V y VII d.C., en el sector central y suroccidental de la meseta de Los Mercados.

Al sur del yacimiento se sitúa la iglesia románica de Nuestra Señora de la Asunción, del siglo XIII, junto a la cual se localiza la necrópolis tardo antigua (“visigoda”), la necrópolis de mayor extensión excavada en la península Ibérica. Este cementerio, así como los materiales detectados en el yacimiento testimonian la continuidad de la vida en la ciudad al menos hasta el s. VII d.C.

Confloenta se abandonará a inicios del s. VIII d.C., en favor de la reocupación del solar de Sepúlveda, donde se desarrollará la villa medieval, que ejercerá la capitalidad del alto Duratón en época medieval y moderna.